Chất lượng nước được cải thiện kể từ thập niên 1970. Vào ngày 2 tháng 4 năm 2008, hai tỉnh Savoie và Haute-Savoie đã cấm đánh bắt cá để ăn và bán đối với cá hồi Bắc cực (Salvelinus alpinus) trong hồ Genève do hàm lượng của các polyclorobiphenyl (PCB) và điôxin cao hơn các tiêu chuẩn quy định đối với hai mẫu cá này, làm cho chúng không thích hợp cho việc tiêu thụ của con người và động vật"[1], "cho đến khi phân tích chính thức cho thấy các biện pháp này dường như là không hữu ích để kiểm soát rủi ro đối với sức khỏe cộng đồng", trong khi chờ đợi kết quả điều tra của Cục An toàn Thực phẩm Pháp (Afssa) về phạm vi của vấn đề (việc đánh bắt cá không dùng để ăn vẫn cho phép, cũng như bơi lội và các môn thể thao trong nước, do PCB hòa tan kém trong nước).

Cá

Năm 2006, có 146 ngư dân (151 năm 2005), với độ tuổi trung bình là 42 và 7.340 người câu cá giải trí (6.086 năm 2005) tại khu vực hồ Genève. Tổng lượng cá đánh bắt khoảng 650 tấn (hay 11 kg cá trên mỗi hecta).

Hiện nay trong hồ Genève có khoảng 30 loài cá, bao gồm:

• Cá hồi trắng, tên bản xứ là féra (cá hồi trắng Léman), đánh bắt 360 tấn năm 2006 (310 tấn năm 2005);
• Cá vược làm phi lê, 224 tấn năm 2006 (234 tấn năm 2005);
• Cá chó (Esox spp.), 35 tấn năm 2006 (47 tấn năm 2005, 29 tấn năm 2004, 31 tấn năm 2000). Một con cá chó dài 1,34 m đã được đánh bắt từ hồ này năm 1996, một con khác nặng 20,5 kg đánh bắt tháng 3 năm 2004 tại bang Vaud;
• Cá hồi hồ, 11 tấn năm 2006 (17 tấn năm 2005, 27 tấn năm 2004);
• Cá hồi Bắc cực (Salvelinus alpinus), 14 tấn năm 2006 (17 tấn năm 2005, 9 tấn năm 2004, 68 tấn năm 2000), tuy nhiên loài cá này rất nhạy cảm với sự ấm lên của khí hậu do sự sinh sản của nó đòi hỏi phải có nước rất lạnh;
• Tôm sông Bắc Mỹ (Orconectes limosus) được ngẫu nhiên thả vào hồ trong thập niên 1980 hiện nay đã sinh sôi nảy nở trong các vùng nước của hồ. Loài động vật giáp xác nhỏ này, được đánh giá cao vì nhiều thịt, hiện nay được đánh bắt để cung cấp cho các nhà hàng.

Năm 2007, tổng cộng 1,2 triệu con cá hồi Bắc cực (5 tới 9 mm) và 500.000 cá hồi hồ (5 tới 10 mm) đã được thả vào hồ từ cả phía Pháp lẫn Thụy Sĩ, nhưng theo INRA, sinh sản tự nhiên vẫn chiếm ưu thế do tình trạng tốt hơn của hồ nhờ chất lượng sinh vật phù du tốt hơn. Tuy nhiên, "cá chó, loài cá săn mồi chủ yếu của hồ, đã tàn phá tất cả", đặc biệt là đối với cá hồi Bắc cực và cá hồi hồ. Kết quả là, việc đánh bắt loài cá này hiện nay tăng trung bình khoảng 4 tấn mỗi năm với mục tiêu 50 tấn mỗi năm, nhưng điều này dường như là chưa đủ.

Do sự phổ biến của cá chó, loài cá ăn thịt cá hồi Bắc cực, nên thời kỳ bảo vệ nó (1 tháng 4 tới 10 tháng 5) đã bị dỡ bỏ vào năm 2007.

Chim

Nằm trên đường di cư giữa dãy núi Alps và dãy núi Jura, hồ này là địa điểm ưa thích của nhiều loài chim. Đến từ Scandinavia hay Siberi, khoảng 150.000 con chim đã bay tới đây mỗi năm để trú đông, bao gồm cốc lớn (Phalacrocorax carbo), vịt mỏ nhọn thường (Mergus merganser), chim lặn mào lớn (Podiceps cristatus) và sâm cầm (Fulica atra).